有些人将这卷书称为“圣经心中之心”，如果说福音书是“圣经之心”的话，约翰福音就是“福音之心”，详细说明基督如何道成肉身，显明神的心。这卷书被称为“属灵（或灵意）的福音”，因为常常指出事情的属灵意义。

约翰在这卷书中清楚表明他要使人信耶稣是基督，是神的儿子，并从他得生命。此书跟马太、马可、路加福音不同的是，在耶稣生平方面，本卷书略去不少事迹，如耶稣的出生、他受试探、登山变像等，却在记载所行的神迹上，强调七个显明他神性的表记：水变酒（约2:1-11）、医好大臣之子（约4:46-54）、医治瘫子（约5:1-18）、喂饱五千人（约6:5-14）、履海（约6:16-21）、医治瞎子（约9:1-7）、叫拉撒路复活（约11:1-45）。

约翰福音提到三次逾越节，可知耶稣公开工作至少三年。他在施洗约翰被捕之前，就在犹太开始，工作遍布犹太和加利利。这和马太、马可、路加福音只记述耶稣在施洗约翰入狱后工作，并偏重加利利事工，和只提到一次逾越节不同。

约翰福音较特出的一点是这里记述了主耶稣七个关于“我是”的宣称，包括：我是──“生命的粮”（约6:35）、“世界的光”（约8:12；9:15）、“羊的门”（约10:7）、“好牧人”（10:11-14）、“复活、生命”（约11:25）、“道路、真理、生命”（约14:6）、“真萄葡树”（约15:1）。

约翰福音也会用到一些独特的字眼，如：“光”、“生命”、“真理”、“爱”、“见证”、“父”、“子”等。其他重要的主题包括：“保惠师”（约14-16章）、“撒但”和“世界”（约8:44；12:31；17:15）、“道”（约1:1-14）、 “重生”（约3:1-12）等。

约翰福音也强调耶稣与个人的会晤，共有27次。也看重耶稣的人性，例如指出他的困乏口渴（约4:6-7）、悲叹（约11:33)、忧愁（约12:27）等。