全书主题：耶稣是神的儿子
约翰福音和其他三本福音书不同，约翰福音主要记载主耶稣在耶路撒冷的工作，而其他三卷符类福音书主要记载主耶稣在加利利的工作。从写作的风格来看，约翰福音和其他福音书也有差异，约翰福音有比较多的长篇讲论，而比较少的直接叙事。此外，约翰福音一开始就庄严地宣告耶稣道成肉身，清楚地指出耶稣是神、是宇宙的主，譬如，使徒约翰在约翰福音宣告“太初有道，道与神同在，道就是神。”（约1:1）又说“后来没有人看见神，只有在父怀里的独生子，将祂表明出来。”（约1:18）另外，约翰福音记载了多马在看见耶稣复活之后亲口承认耶稣是神：“多马说：‘我的主，我的神。’”（约20:28）这些都配合了约翰福音的主题，就是耶稣是神的儿子，使人借着祂得生命。
约翰福音的段落大纲：整卷书共分为6段。
第1段（约1:1-18）：序言，是全书的开场白。使徒约翰直接指出，耶稣是道，道就是神。在这个段落里面，我们发现许多重复出现的字，例如“光”、“世界”、“生命”、“荣耀”等，而这些字在之后的段落里，也重复出现。
第2段（约1:19-12:50）：记载了神的儿子耶稣基督的工作，包括主耶稣所行的7个神迹，及一系列的讲道等。这个段落按照主题可以再把它分为4个小段落：
1. 约1:19-2:12：主要讲述主耶稣传道工作的预备，譬如在约旦河受洗、选召门徒、在加拿婚宴行了第一件神迹等。
2. 约2:13-4:54：主题是神儿子工作的开始，记载了主耶稣与尼哥底母谈论重生的问题，及在井旁与撒玛利亚妇人谈活水，最后是医治大臣的儿子，这些都是属于事迹方面的记载。
3. 约5:1-6:17：详细记载了主耶稣在加利利的工作，这是祂工作的高峰。
4. 约7:1-12:50：主要讲述主耶稣与犹太人的冲突，犹太人最后更加萌生了杀害耶稣的念头。另外，第10章主耶稣讲了羊圈的比喻；第11章则记载了医治拉撒路的经过；第12章总结祂所有的工作。这些都是比较特别的内容。
第3段（约13:1-17:26）：主题为训练门徒，包括最后的晚餐；三篇向门徒所讲的教导，譬如表示祂是道路、真理、生命、真葡萄树等，这些教导都是在客西马尼园讲的。另外，还记载了主耶稣的祷告，他祈求门徒能够合二为一，同时又将他们交托给天父。
第4段（约18:1-19:42）：这段经文谈到主耶稣的受死。18:1-11，主被捕；12:12-19:16，主被审；19:17-37，主被钉；19:38-42，主被埋葬。
第5段（约20:1-31）：神儿子的复活。复活的主向抹大拉的马利亚、门徒和多马显现。
第6段（约21:1-25）：主耶稣在加利利海边向门徒显现，之后三次查问彼得的爱心。
四个重要的主题：耶稣是神的儿子；永生；相信；圣灵
约翰并不是要为基督写传记，而是要清楚解释什么叫做道成肉身，证明耶稣是神的儿子、是唯一通往永生的道路。约1:1：“太初有道，道与神同在，道就是神。”这个主题贯穿着全书。事实上，我们从约翰福音里面，可以找到4个重要的主题，分别是：耶稣是神的儿子、永生、相信和圣灵。
第1个主题，耶稣是神的儿子：使徒约翰表明主耶稣是神的独生子，我们可以安心的信赖祂所说的话。因着信靠祂，我们可以明白神的信息，并在生活中成就祂的旨意。
第2个主题，永生：主耶稣无论和尼哥底母，或者和撒马利亚妇人交谈，内容都是围绕着永生而说的。主耶稣是神，祂永远活着，在世界创造之前，已经与父神同在，今后祂也会与父一起来统治这个世界。主耶稣在复活之前，已经充满伟大的能力，祂愿意赐给我们永生。祂今天邀请我们与祂建立个人的永恒关系，虽然我们会衰老和死亡，但是只要信靠祂，我们就可以获得新生命，直到永远。
第3个主题，相信：约翰记录了7个神迹，连同第21章153条大鱼的神迹，就有8个神迹。这些神迹都表明了主耶稣的能力是在万有之上。当然，耶稣的复活，其实是最伟大的神迹。约翰记载了他自己亲眼看见空坟墓的惊人事实，并主耶稣复活之后多次向人显现的经过。通过这一系列的神迹，主耶稣激励我们要相信祂、信靠祂，这样我们的罪就能够得到赦免，同时也会得着生命。
第4个主题，圣灵：主耶稣教导门徒说，当祂升天之后，圣灵就会降临，住在信徒的心里，并且成为信徒的保惠师，负责教导、辅导和安慰的工作。信徒也可以借着圣灵，显明基督同在的能力、大爱与引导。我们要认识圣灵，才能够明白耶稣的教导。
耶稣自称“我是”的八个宣告：
主耶稣在不同的环境中，曾经用不同的形象来形容自己，其中最特别的是耶稣自称“我是”的宣告，当中有八个“我是”的教训。在旧约圣经中，“我是”其实有特别的意思，就是神的名字。在出埃及记，神呼召摩西带领以色列人出埃及。“摩西对神说：‘我到以色列人那里，对他们说，你们祖宗的神，打发我到你们这里来，他们若问我说，他叫什么名字？我要对他们说什么？’神对摩西说：‘我是自有永有的’；又说：‘你要对以色列人这样说，那自有的神，打发我到你们这里来。’”（出3:13-14)“自有永有的”在原文是“我是”的意思，按照出埃及记的原文希伯来文翻译为“我是”，“自有永有”是把圣经翻译成中文的时候加进去的，以便贯通整篇文章。所以，耶和华宣告祂自己的名字就是“我是”。约翰福音记载了主耶稣的宣告“我是”的教导，见证了耶稣就是创造这个世界的真主宰，耶稣就是神。
第1个宣告：人子
虽然不是直接的，但是意思是完全一样的。经文说：“不要为那必坏的食物劳力，要为那存到永生的食物劳力，就是人子要赐给你们的，因为人子是父神所印证的。”（约6:27）“人子”这个词的背景应验了但以理书第7章所说：“我在夜间的异象中观看，见有一位像人子的，驾着天云而来，被领到亘古常在者面前，得了权柄、荣耀、国度，使各方、各国、各族的人都事奉他。他的权柄是永远的，不能废去；他的国必不败坏。”（但7:13-14）在福音书中，耶稣使用接近80次“人子”这个词来谈到祂自己，马太福音用了32次，马可福音用了14次，路加福音用了26次，约翰福音用了10次。在这些经文中，全部都是主耶稣称呼祂自己是人子，从来没有人直接称祂为人子，所以很多学者认为，主耶稣是用“人子”这个词作为祂是弥赛亚的专用称号。
第2个宣告：生命的粮
“耶稣说：‘我就是生命的粮，到我这里来的，必定不饿，信我的，永远不渴。’”（约6:35）主耶稣宣告这个的时间，是在行了五饼二鱼神迹的第2天。当时有群众跟着他，主耶稣看穿了群众的心理，他们寻找耶稣并不是因为看见了神迹，而是因为吃饼得饱，于是祂和群众谈到天父所降下的粮食，当群众表示，也想要这些天上粮食时，主耶稣便宣告：“我就是生命的粮”，表示祂能够赐给人生命，因为祂是永生的唯一源头。
第3个宣告：生命的光
“耶稣又对众人说，我是世界的光，跟从我的，就不在黑暗里走，必要得着生命的光。”（约8:12）在约1:4-5谈到道成肉身的时候，使徒约翰便说：“生命在他里头，这生命就是人的光，光照在黑暗里，黑暗却不接受光。”约1:9又说：“那光是真光，照亮一切生在世上的人。”约8:12主耶稣又亲自宣告：“我是世界的光。”到了约12:46耶稣又说：“我到世上来，乃是光，叫凡信我的不住在黑暗里。”光象征着属灵的真理，主耶稣就是光的代表。光和黑暗是对立的，如果我们仍然生活在黑暗里，便不能够来就光，也没有办法进入到光明里。另一方面，主耶稣也对门徒说，你们是世上的光，因此那应用在耶稣身上的字眼，也应用在门徒的身上。当基督被称为光，是指祂就是救主，是拯救全人类的；至于我们被主称为世上的光，只是指着要在生活上分别为圣，活出基督的样式。
第4个宣告：羊的门
“我实实在在的告诉你们，我就是羊的门。”（约10:7）耶稣就是让我们进入到救恩的门，是唯一的一扇门，我们必须经过祂，才能够得到神的救恩。主耶稣也是我们的保护者，祂给我们安全保护。主耶稣再次强调：“凡从我进来的，必然得救，并且出入得草吃。”（约10:9）主耶稣来到世上的目的，为要叫羊得生命，并且得的更丰盛；凡是不经过主耶稣这扇门的，都不能得救，当然也不会得着丰盛的生命。
第5个宣告：好牧人
主耶稣说：“我是好牧人，好牧人为羊舍命。”（约10:11）牧羊人的职责是照顾羊群、寻找青草地和水源、保护羊群免受侵害，以及寻回那些迷路的羊等等。牧羊人每天牧放羊群，并且在日落之前带领羊群返回到羊圈里。不过，牧羊人有时候也会带领羊群走到离家很远的地方，晚上就让羊群躲进山洞，或者进入一个临时搭建的羊圈，牧羊人他自己就横卧在羊圈的路口，以避免羊羔跑出去，或者有强盗进来偷羊。因为牧羊人必须要为每一只羊的主人交代，如果丢了一只羊，他便要做出赔偿的。由于牧羊人长期照顾一群羊羔，所以牧羊人和羊群有着亲密的关系，他很容易认出每一只羊。牧羊人与羊的表征在新约里包含着重要的意义。主耶稣说祂是好牧人，甚至为羊舍命。
第6个宣告：复活
经文说：“复活在我，生命也在我。信我的人，虽然死了，也必复活。”（约11:25）第11章主要记载拉撒路的复活。当时主耶稣刚刚到达马大和马利亚居住的伯大尼，当时拉撒路已被埋葬了，马大对主耶稣诉说如果主耶稣早点来，拉撒路便不会死。不过，马大深信，拉撒路会在末日的时候复活。马大讲完这些话，主耶稣便宣告“复活在我，生命也在我”。希腊文的原文是，“我是复活，我是生命”。圣经记载了不少复活的例子，旧约列王纪上记载了以利亚使一个男孩复活（王上17:17-24）；列王纪下则记载，以利沙使书念妇人的儿子复苏（王下4:18-37）；在新约，主耶稣曾经叫睚鲁的女儿复活，以及叫已经埋葬了的拉撒路复活。另一方面，主耶稣也把死人复活的权柄赐给使徒，使徒彼得曾经叫多家复活（徒9:36-42）；使徒保罗使从窗台跌下死亡的少年犹推古复苏（徒20:9-12）。到了最后，是主耶稣基督自己的复活。主耶稣掌管着复活的大能，他不仅是生命的源头，也是战胜死亡的力量。
