1. 经文分段
1.1. 问安（1-3节）
1.2. 保罗对腓利门的称赞（4-7节）
1.3. 保罗向腓利门的请求（8-21节）
1.4. 结论（22-25节）

2. 问安（1-3节）
保罗自称是“为基督耶稣被囚的保罗”，在保罗所写的13封教会书信中，只有此信如此称呼自己。保罗在一封信的开头的时候，习惯是自称是“基督耶稣的使徒或者仆人”，因为他在其他信都是讲论教会圣工方面的真理，或者辩论教义上的基本信仰问题，所以必须站在基督耶稣的使徒或仆人的身分上发言。腓利门书没有提及他使徒的职分，主要是因为他写信的目的，是凭着爱心求他赦免阿尼西母的罪。
另一方面，保罗知道腓利门是一个爱主的人，他的自称可以打动腓利门的心，用自己捆锁的苦来激发腓利门的同情，使腓利门更容易接纳他的请求，收纳阿尼西母 。
1-3节提到四种收信人：腓利门、亚腓亚、亚基布和教会；另外，第一节还出现了提摩太。保罗写给各个教会的信件中，经常将提摩太的名字与自己并列，这是因为腓利门和提摩太很熟，保罗在以弗所传道三年的时候，提摩太和他同工，并且曾经被派去探望马其顿的教会，腓利门有可能从提摩太那里得到很多属灵的帮助，他们彼此之间也有相当深厚的友谊，所以保罗提到这封信是和提摩太一同联名的，是为了激发腓利门接纳阿尼西母。
保罗用“亲爱的同工腓利门”来称呼腓利门，因为在他的眼中一同事奉主的人都是同工，事实上，腓利门信主后确有美好的见证，并且有一颗火热的心去爱主爱人。第2节所说的“妹子亚腓亚”可能是腓利门的妻子。保罗提到亚腓亚是因为腓利门书是为了家庭奴仆的事情而写的，这与亚腓亚也有关系。另一方面，是因为亚腓亚有丰盛的生命，按照希腊文，亚腓亚就是“丰盛”、“多结果子”的意思。
亚基布是腓利门的儿子，即保罗在问安的时候，提到腓利门的一家三口。保罗称亚基布是“与我们同当兵的”，意思是作基督的精兵，一同作传道的工作。保罗在西4:17曾经吩咐亚基布“务要谨慎，尽你从主所受的职分”，可见亚基布是一个专职的传道人，是歌罗西教会的传道之一，当歌罗西教会正受到异端搅扰的时候，保罗特别提醒亚基布要谨慎传道。
2下半节所写的“你家的教会”是指着歌罗西的教会说的，强调信徒在一起聚会就是教会，所以保罗是称呼在腓利门家里聚会的弟兄姐妹们，因为在早期的时候，信徒都是在家里聚会。
第3节是保罗问安的内容。希腊人见面的时候，习惯用“恩惠”这个词作为祝福的话，就像讲希伯来话的人习惯用“平安”一词一样。

3. 保罗对腓利门的称赞（4-7节）
3.1. 保罗感谢的话（4节）
3.2. 保罗称赞的话（5节）
3.3. 保罗愿望的话（6节）
3.4. 保罗勉励的话（7节）
保罗称赞腓利门，并不是要讨他的喜悦，而是实实在在的先在神的面前，发出感谢的话。神所重用的人，一定具备一个特质，就是恒心祷告。我们可从保罗各卷书信中看到，保罗如何日以继夜的为各教会、同工和信徒们祈祷。因为保罗了解祷告的力量，他的生活就是一个祷告的生活。当保罗在罗马监狱的时候，锁在一位看守他的狱卒身旁，他仍然借着祷告，继续为主作见证，透过祷告，保罗照常服事他所成立的众教会。
保罗怎样知道腓利门的美德而称赞他呢？有可能是以巴弗告诉他的（参门23节；西4:12）阿尼西母也把腓利门的美德告诉保罗。保罗的称赞分为两个层面，第一个是“向主耶稣的爱心和信心”；第二个是“向众圣徒有爱心和信心”。
在保罗其他的信中，他一般是先提信心，然后才提爱心，在腓利门书里，他却先提爱心，然后才提信心。这是因为腓利门借着爱的行动，表现出他的信心，他是一个信爱兼顾的信徒，因着被主耶稣的爱所激励，多多地为祂作工。
第6节提到对腓利门的两种愿望。第一种是：“愿你与人所同有的信心显出功效”。“同有的信心”是指一种行出来的信心，这种信心是表现在腓利门在教会里的各种服事，以及他对会众和有需要的人的供应上。保罗称赞腓利门对教会无私的分享，是信心的实践。“同有的”在希腊文里面，和“团契”或者“分享”是同一个字，特别指将自己有的提供给团体使用，这是一种无私而且普遍的分享。从腓利门拥有奴仆看来，他可能相当有钱。他甘心乐意分享，显示他真实的信心。
保罗对腓利门的第二种愿望是“使人知道各样善事都是为基督做的”。保罗盼望腓利门所作的各样善事，不是为了自己得到称赞，而是以荣耀基督为目标，要腓利门的家人为基督行善，同心合意地荣耀主。